宇宙の彼方ケロン星から、4人の部下を連れて地球(ペコポン)侵略にやってきたケロロ軍曹。
これまでの劇場版3作で侵略どころか、うっかり地球(ペコポン)の危機を救ってしまったケロロは、
相変わらずくだらない侵略作戦を実行しては夏美たちに邪魔される日々…。

そんなある日、謎の巨大物体「竜のしっぽ」が世界中に突如出現した! その正体を探るため、
ニューヨーク、パリ、シドニー、タンザニア、奥東京市で活動開始するケロロ小隊。
しかしタママがパリで行方不明に。その消息を追うケロロたちは、
フランスが誇る神秘の世界遺産モン・サン・ミシェルに辿り着く。
そこで謎の少女・シオンの持つ「竜の書」の不思議な力により、
次々と凶暴なドラゴンへと姿を変えられ、強大なパワーを手に入れてしまうケロロ小隊。
ドラゴンとなったケロロは、その力をいよいよ侵略に使ってしまうのか? それとも…。

シリーズ最大のスケールと圧倒的なリアリティで迫るなか、
いつものへっぽこ宇宙人・ケロロ軍曹が空気も読まずに大活躍!
原作コミック10周年、TVアニメ5周年の記念すべき年に、「超劇場版ケロロ軍曹」はさらにパワーアップ!!
2009年春、君たちと一緒に、ケロロは進化する ――